W postępowaniu, które przewiduje przeprowadzenie aukcji elektronicznej zamawiający powinni badać wystąpienie przesłanki odrzucenia oferty dotyczącej rażąco niskiej ceny zasadniczo dwukrotnie – przed zaproszeniem wykonawców do udziału w aukcji oraz po jej zakończeniu.

Zgodnie z art. 91b ust. 1 PZP do udziału w aukcji elektronicznej zamawiający zaprasza wykonawców, którzy złożyli oferty niepodlegające odrzuceniu.  W związku z tym zamawiający jest zobowiązany zbadać –  jeszcze przed ewentualną aukcją elektroniczną –  czy ceny złożonych ofert nie budzą jego wątpliwości pod kątem rażąco niskiej ceny, a w przypadku jakichkolwiek zastrzeżeń w tym zakresie, powinien wezwać wykonawców do złożenia odpowiednich wyjaśnień. Pozytywna ocena wyjaśnień wykonawcy w zakresie ceny przed aukcją nie wyklucza jednak zastosowania wobec niego sankcji odrzucenia oferty na dalszym etapie postępowania.

W toku aukcji elektronicznej, w której wykonawcy rywalizują ze sobą ceną, dochodzi do jej obniżenia w wyniku składanych w tym zakresie kolejnych postąpień. Tym samym zmieniają się podstawy służące do ustalenia, czy oferowana cena nie posiada znamion rażąco niskiej. W niektórych przypadkach ceny mogą ulec tak istotnemu zmniejszeniu, że będzie to budziło wątpliwości  dotyczące ich realności. Ta okoliczność powinna więc dawać zamawiającemu możliwość zweryfikowania takiej nowej, obniżonej ceny przez wezwanie wykonawcy do wyjaśnień. Należy zauważyć, że takiego prawa zamawiającego nie niweczy art. 91c ust. 1 PZP, zgodnie z którym w aukcji elektronicznej nie stosuje się art. 89 PZP (czyli przepisu wskazującego podstawy do odrzucenia ofert). Orzecznictwo potwierdziło, że przepis ten wprowadza  zakaz stosowania art. 89 PZP  jedynie w toku aukcji, co nie wyklucza jego stosowania po jej zakończeniu (w tym wyrok SO w Warszawie, V Wydział Cywilny z dnia 31 stycznia 2012 r., V Ca 2878/11).

Po zakończeniu aukcji zamawiający może więc zwrócić się do wykonawcy o wyjaśnienie w zakresie rażąco niskiej ceny, jeśli ma co do niej wątpliwości, a także w przypadkach wskazanych w art. 90 ust. 1a PZP, w tym – kiedy całkowita cena oferty będzie niższa o co najmniej 30% od wartości zamówienia powiększonej o VAT lub średniej arytmetycznej cen wszystkich złożonych ofert (chyba że rozbieżność wynika z okoliczności oczywistych).

W związku z powyższym – o ile jeszcze przed aukcją wykonawcy mogą ustalić próg odnoszący się do wartości zamówienia, poniżej którego ceny oferowane przez nich w aukcji mogą skutkować wezwaniem do wyjaśnień, o tyle nie mogą przewidzieć, jaki będzie stosunek zaoferowanej przez nich ceny do średniej arytmetycznej wszystkich złożonych ofert. Wydaje się bowiem, że po aukcji średnia ta powinna być obliczona z uwzględnieniem cen ostatecznie zaoferowanych przez wykonawców.

Podsumowując, wykonawcy także po zakończeniu aukcji muszą liczyć się z koniecznością składania wyjaśnień w zakresie rażąco niskiej ceny w odniesieniu do kwoty zaoferowanej przez nich w toku aukcji.